百济人对唐军喊道：“你们什么时候走？我们送送你们。”刘仁愿、刘仁轨认为对方没有防备，突然袭击对方，夺去了多个城池。

663年，李治派出援军来到百济，百济请来倭国（日本）人来帮忙，刘仁轨率领唐军在白江口大败倭国船队，前后四次交战，火烧敌船，一共四百多艘，火焰烧得整个天空都通红，海水也变成红色。

李治下令，让刘仁轨驻守百济，其余人马回国，百济经历战火之后，家家凋弊残破，到处都是死人的骨骸，刘仁轨下令掩埋死尸，修录人口，整理村庄，开通道路，建立桥梁，修补堤堰，劝人耕种，赈济贫穷，赡养孤幼，囤积粮食，准备进攻高丽。

刘仁愿回国后，李治问道：“你为我写的文书，条理很好，你是个武夫，怎么写得那么好？”

刘仁愿答道：“全是刘仁轨所写，我是写不出来的。”李治很高兴，提升了刘仁轨的官职。

刘仁轨上奏说：“戍边的士卒，疲惫羸弱，衣服破烂，想念家乡，无心报国。他们说，过去战死沙场，皇上派人垂吊慰问，追赠官爵，如今远渡出征，官吏不记载我们的功绩，死亡的人不知道为谁而死，为何而死，从军时，说是一年的期限，只带了一年的装备，却要五年不回，现在所留的物资，只够应付今年冬天，百济、高丽、倭国互相声援，这些士兵，恐怕难以消灭敌人，必须改变原来的做法，优厚地对待士卒，来振奋他们，这些不顺耳的话，没有人向陛下回报，希望陛下体谅我披露心声，冒死向陛下陈述。”

李治同意刘仁轨的建议，派出刘仁愿带着援军渡过海洋，替代原来的士兵，还命令刘仁轨返回。刘仁轨说：“国家派出孤军在海外，是要消灭高丽，士卒回去，将领也要回国，现在正是收割庄稼的时候，众人的心情还没有安定，恐怕要生出变故，不如暂且不走，等待收割完毕。”

刘仁愿说：“擅自留下，恐怕朝廷会疑虑。”

刘仁轨说：“作为臣子，假使遇到对国家有利的事情，知道后没有不做的，根本不用考虑个人利益。”

刘仁轨向李治报告，李治同意了。

百济被消灭后，唐军可以南北夹击高丽。高丽的形势更加危险。